Sampai dengan TA 2010/2012 Universitas Mercu Buana Yogyakarta melalui Direktorat Marketing telah melakukan kerjasama dengan pihak sekolah setingkat SMA/MA/SMKÂ Jateng-DIY. Bentuk kerjasama tersebut berupa pelatihan Achievement Motivation Training (AMT), Tryout, Pameran Career Day kerjasama penyediaan pembimbing LKIRÂ dan penelusuran beasiswa siswa berprestasi maupun siswa kurang mampu. Kerjasma ini akan terus ditingkatkan sehingga "Ke depan Universitas Mercu Buana Yogyakarta akan mengembangkan program mitra kewirausahaan bagi siswa dan guru-guru SMA SMK/MA, sehingga tidak hanya terbatas kerjasama dalam bentuk pendidikan tetapi juga bentuk program pengabdian masyarakat" katanya.
Adapun daftar sekolah yang telah melaukan MoU kerjasama dengan Universitas Mercu Buana Yogyakarta diantaranya :
- SMA N 7 Yogyakarta
- SMA N 1 Wates Kulonprogo
- SMA N 2 Wates Kulonprogo
- SMA N 1 Sentolo Kulonprogo
- SMA Piri 1 Yogyakarta
- SMA N 1 Sedayu Bantul Yogyakarta
- MAN 1 Wates Kulonprogo
- MAN 2 Wates Kulonprogo
- SMA N 10 Yogyakarta
- SMAN 2 Playen Wonosari Gunungklidul DIY
- MAN Gandekan Bantul DIY
- SMA 2 Piri DIY
- MAN 2 Jl Nyai Ahmad Dahlan Yogyakarta
- SMAN 1 Pathuk Wonosari Gunungkidul DIY
- SMAN 1 Jetis Bantul DIY
- SMA Muh 3 Yogyakarta
- SMAN 1 Galur Kulonprogo DIY
- SMAN 2 Banguntapan Bantul DIY
- SMA Bopkri 3 Yogyakarta
- SMAN 1 Kasihan Bantul DIY
- SMAN 1 Bambanglipuro Bantul DIY
- SMA Pangudi Luhur Yogyakarta
- SMA Taman Siswa Yogyakarta
- SMAN 2 Sleman Yogyakarta
- SMAN 1 Mlati Sleman Yogyakarta
- SMAN 1 Tempel Sleman Yogyakarta
- SMAN 1 Seyegan Sleman Yogyakarta
- SMAN 1 Turi Sleman Yogyakarta
- SMAN 2 Playen Wonosari Gunungkidul DIY
- STM 45 Wonosari Gunungkidul DIY
- SMK Nglipar Gunungkidul DIY
- SMAN 2 Banguntapan Bantul DIY
- SMAN 1 Wonosari Klaten Jateng
- SMAN 3 Klaten Jateng
- SMAN 1 Jogonalan Klaten Jateng
- SMAN 1Â Sleman Yogyakarta
- SMA Muh 5 Yogyakarta
- SMAN 9 Yogyakarta
- SMAN 1 Lendah Kulonprogo DIY
- SMAN 11 Jetis Yogyakarta
- SMA Muh 2 Jl Kapas Yogyakarta
- SMAN 1 Pengasih Kulonprogo DIY